Magazyny energii, mimo wielu swoich zalet, mają również potencjalne ograniczenia. Wśród nich możemy wymienić:

• Ograniczoną pojemność – każdy magazyn ma swoją maksymalną pojemność, co oznacza, że nie można przechowywać w nich nieograniczonych ilości energii;
• Skalowalność – zwiększenie pojemności magazynu może wymagać większej liczby akumulatorów lub innych nośników energii, co wiąże się z wysokimi kosztami i wymaganiami przestrzennymi;
• Wydajność – podczas przechowywania i przekształcania energii zachodzi utrata energii w postaci m.in. ciepła, co prowadzi do mniejszej wydajności. Wydajność magazynów energii różni się w zależności od technologii, wieku i stanu akumulatorów;
• Koszty – inwestycja w magazyn energii może okazać się kosztowna, zwłaszcza przy urządzeniach wysokiej technologii oraz o dużej pojemności;
• Cykl życia – w miarę upływu czasu i eksploatacji zdolność magazynów do przechowywania i dostarczania energii może się zmniejszać, co wpływa na efektywność magazynu.

Mimo tych ograniczeń, technologia magazynowania energii stale się rozwija, a badania nad bardziej wydajnymi i pojemniejszymi rozwiązaniami nadal trwają.